Institut for Statskundskab er opdelt i en række afdelinger. Afdelingerne udgør den overordnede struktur for instituttets samlede virksomhed. Her koordineres undervisning, personaleforhold og overordnede forskningsstrategier.
Afdelingsformænd: Lotte Bøgh Andersen og Jens Blom-Hansen
Afdelingsformand: Jakob Tolstrup
Afdelingsformand: Anne Mette Kjær
Afdelingsformand: Mathias Tromborg
Centerleder: Carter Walter Bloch
Afdelingsformand: Morten Brænder