Institut for Statskundskab er opdelt i en række afdelinger. Afdelingerne udgør den overordnede struktur for instituttets samlede virksomhed. Her koordineres undervisning, personaleforhold og overordnede forskningsstrategier.
Afdelingsformand: Jakob Tolstrup
Afdelingsformand: Søren Serritslew og Jens Blom-Hansen
Sektionsformand: Poul Aaes
Sektionsformand: Morten Jakobsen
Afdelingsformand: Anne Mette Kjær
Afdelingsformand: Mathias Tromborg
Afdelingsformand: Søren Flinch Midtgaard
Afdelingsformand: Morten Brænder
Centerleder: Carter Bloch