Institut for Statskundskab er opdelt i en række afdelinger. Afdelingerne udgør den overordnede struktur for instituttets samlede virksomhed. Her koordineres undervisning, personaleforhold og overordnede forskningsstrategier.
Afdelingsformand: Tonny Brems Knudsen
Afdelingsformand: Vibeke Lehmann Nielsen
Sektionsformand: Poul Aaes
Sektionsformand: Martin Vinæs
Sektionsformand: Anne Mette Kjær
Sektionsformand: Lene Aarøe
Afdelingsformand: Tore Vincent Olsen
Afdelingsformand: Kristina Bakkær Simonsen
Centerleder: Carter Bloch