Institut for Statskundskab er opdelt i en række afdelinger. Afdelingerne udgør den overordnede struktur for instituttets samlede virksomhed. Her koordineres undervisning, personaleforhold og overordnede forskningsstrategier.
Afdelingsformand: Tonny Brems Knudsen
Sektionsformand: Anne Mette Kjeldsen
Sektionsformand: Vibeke Lehmann Nielsen
Sektionsformand: Gert Tinggaard Svendsen
Sektionsformand: Lene Aarøe
Afdelingsformand: Tore Vincent Olsen
Afdelingsformand: Kristina Bakkær Simonsen
Centerleder: Carter Bloch