Institut for Statskundskab er opdelt i en række afdelinger. Afdelingerne udgør den overordnede struktur for instituttets samlede virksomhed. Her koordineres undervisning, personaleforhold og overordnede forskningsstrategier.
Afdelingsformand: Tonny Brems Knudsen
Afdelingsformand: Søren Serritslew og Jens Blom-Hansen
Sektionsformand: Poul Aaes
Sektionsformand: Martin Vinæs
Sektionsformand: Anne Mette Kjær
Sektionsformand: Lene Aarøe
Afdelingsformand: Andreas Brøgger Albertsen
Afdelingsformand: Kristina Bakkær Simonsen
Centerleder: Carter Bloch