Institut for Statskundskab er opdelt i en række afdelinger. Afdelingerne udgør den overordnede struktur for instituttets samlede virksomhed. Her koordineres undervisning, personaleforhold og overordnede forskningsstrategier.
Afdelingsformand: Tonny Brems Knudsen
Afdelingsformand: Søren Serritslew og Jens Blom-Hansen
Sektionsformand: Poul Aaes
Sektionsformand: Martin Vinæs
Afdelingsformand: Anne Mette Kjær
Afdelingsformand: Mathias Tromborg
Afdelingsformand: Andreas Brøgger Albertsen
Afdelingsformand: Karin Hilmer Pedersen
Centerleder: Carter Bloch