Magtudredningen 2.0 ledes af professor i statskundskab Michael Bang Petersen, som er udpeget af uddannelses- og forskningsministeren efter indstilling fra Danmarks Frie Forskningsfond. Der er i udpegelsen blevet lagt vægt på, at forskningslederen er en anerkendt forsker med betydelig erfaring med forskningsledelse og formidling til den brede offentlighed.
Der er etableret en forskningsledelse bestående af yderligere fire anerkendte forskere, som er udpeget af forskningslederen. Ved udpegelsen af forskningsledelsen er der lagt vægt på at opnå en tværvidenskabelig sammensætning samt at sikre repræsentation fra forskellige forskningsinstitutioner. Desuden er medlemmerne blevet udvalgt på baggrund af deres betydelige erfaring inden for forskningsledelse.
Forskningsledelsen har ansvaret for at koordinere arbejdet med Magtudredningen 2.0 og udmønte forskningsmidlerne. Forskningsledelsen vil både udføre konkrete forskningsaktiviteter og uddelegere til forskere uden for forskningsledelsen.